A Igreja de Scientology é formada numa estrutura eclesiástica que unifica e alinha uma grande quantidade de diversas atividades religiosas, incluindo não só ministrar serviços e práticas religiosas de Scientology, mas a catequese, gestão eclesiástica, transmissão de comunicação, produção de materiais de disseminação e muitas outras funções. Assim, a comunidade religiosa de Scientology está unida, tanto pelas crenças e práticas comuns como pela forma organizacional exclusiva adequada à sua missão religiosa.
Nos níveis inferiores da hierarquia estão os ministros de campo individuais, grupos religiosos de Scientology e missões da Igreja envolvidos em ministrar o início do treino e da audição. No nível superior estão as maiores organizações da Igreja que ministram níveis avançados de audição e serviços de treino religiosos.
Um sistema de gestão eclesiástica internacional abrange todas as Igrejas. Da Igreja de Scientology Internacional através de uma série de Gabinetes de Ligação Continental responsáveis por zonas geográficas, esta estrutura de gestão suporta, coordena e trabalha para garantir que a filosofia espiritual e as tecnologias de Dianética e Scientology estejam disponíveis para quem quiser recebê-las, e que os serviços de Scientology sejam aplicados exatamente como L. Ron Hubbard estabeleceu.
Porque a Escritura de Scientology exige que as suas práticas religiosas sejam ministradas de forma ortodoxa, a estrutura hierárquica ajuda a garantir que as Igrejas recebam o apoio eclesiástico e orientação necessários para o fazer. Uma observação ortodoxa da religião é assegurada a todos os Scientologists em cada Igreja ao redor do mundo.
Cada Igreja de Scientology individual é incorporada separadamente e é dirigida pelo seu próprio conselho de dirigentes. Os dirigentes e diretores também fazem a gestão eclesiástica da Igreja e são totalmente responsáveis por ministrar serviços aos seus paroquianos e às comunidades ao redor.